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【干貨】系統化生物過程工藝設計,助力iPSC在反應器內擴增近100倍
發布時間:2025/03/04 點擊數:340

隨著細胞治(zhi)療領(ling)域的(de)(de)快速發展,穩定、可重復的(de)(de)iPSC擴增(zeng)成為推動治(zhi)療的(de)(de)關鍵。通過(guo)系統化的(de)(de)生物過(guo)程(cheng)(cheng)設計,識別(bie)并優(you)化關鍵過(guo)程(cheng)(cheng)輸入(ru)變量(liang),實現了iPSC在PBS垂直輪反應器內擴增(zeng)的(de)(de)穩健性(xing)與可重復性(xing),減少生產(chan)成本和周期,為大(da)規模生產(chan)和臨床應用提供保障。


一、生物(wu)反應器微縮模型—優化iPSC工作流程的效率經(jing)濟工具

誘導多能干細(xi)胞(bao)(iPSC)及其衍生特化細(xi)胞(bao)的(de)(de)生產流程(cheng)既復雜又漫長(chang),涉及多個(ge)相互(hu)依賴的(de)(de)工藝輸入變量(liang)(PIVs)。對于臨(lin)床應用所(suo)需的(de)(de)大(da)批量(liang)iPSC衍生細(xi)胞(bao)(超過10^8個(ge)細(xi)胞(bao)),大(da)規(gui)(gui)(gui)模(mo)生物(wu)反(fan)應器是(shi)不可(ke)或缺的(de)(de)。然而,運行大(da)規(gui)(gui)(gui)模(mo)反(fan)應器的(de)(de)成本高昂,因此,在確保(bao)細(xi)胞(bao)產量(liang)和質(zhi)量(liang)的(de)(de)同時,首先需要開發出(chu)在小(xiao)規(gui)(gui)(gui)模(mo)(100-500 mL)下可(ke)重復且穩健的(de)(de)過程(cheng)。


iPSC制造過程示例圖


圖1a.一個iPSC制(zhi)造(zao)過程(cheng)的(de)示例,其(qi)中每(mei)個單元(yuan)操作及(ji)單元(yuan)操作之間的(de)過渡都會(hui)引入新(xin)的(de)工藝(yi)輸入變量(PIVs)。過程(cheng)輸出變量(POVs),如(ru)細胞產量、活力、生長速(su)度、形態、身(shen)份特性、功能、基因(yin)組(zu)穩定性、無菌等,都取決于每(mei)個PIV的(de)影響總和。


過程輸出變量POVs


在生物(wu)工(gong)藝開發的過(guo)程(cheng)中(zhong),PBS Biotech明確了以下關鍵概(gai)念:

1.種子培(pei)養(yang)階段(duan)(Seed train):培(pei)養(yang)足夠(gou)數量的細(xi)胞,以便接種到生(sheng)產階段(duan)的生(sheng)物反應器中。

2.可復制性(Reproducible):在(zai)相(xiang)同的PIVs條件下,每次運行均能獲得相(xiang)同的結(jie)果(guo)。

3.穩(wen)健(jian)性(Robust):在不(bu)同但可比(bi)的PIVs條件下,獲得(de)的結(jie)果變化更小或可預(yu)測(ce)。


PBS Biotech通過使用微(wei)縮版的垂(chui)直(zhi)輪(VW)生(sheng)(sheng)物反應器(PBS-0.1和PBS-0.5 Mini),成(cheng)功(gong)開發了(le)(le)一套標準化(hua)的iPSC擴增(zeng)工(gong)作(zuo)流(liu)程(cheng)。該流(liu)程(cheng)不(bu)僅具有高度的穩健性和可重復性,還能(neng)輕(qing)松擴展至PBS-15(尚(shang)未測試PBS-80和PBS-500)。這一創新為iPSC生(sheng)(sheng)產提供了(le)(le)可靠的工(gong)具,有效降(jiang)低了(le)(le)開發成(cheng)本(ben),提升(sheng)了(le)(le)生(sheng)(sheng)產效率(lv)。


PBS各規格產品示意圖

圖1b. PBS垂直(zhi)輪(VW)生物反應器(qi)家族為(wei)細胞和(he)基因治療提供了溫(wen)和(he)均(jun)勻(yun)的水動(dong)力學環境(jing),以及從(cong)早研、臨(lin)床和(he)商業化規模的一系列產(chan)品。

 

二(er)、iPSC生長性能指標(biao)和可重(zhong)復性研究(jiu)缺乏標(biao)準化,致使方法難以比較

在iPSC制造領域,缺(que)乏(fa)詳細(xi)的實驗方案和標準化的結果報告,導致(zhi)不(bu)同實驗室(shi)之間難(nan)以對比(bi)各種iPSC培養方法。特(te)(te)別是在3D懸浮培養方面,盡管已有多項研究報告了細(xi)胞生長性能指標(如倍(bei)增時間、特(te)(te)定生長率、細(xi)胞倍(bei)增次數(shu)和最大(da)細(xi)胞密度),但這些指標的數(shu)值(zhi)差異較大(da),缺(que)乏(fa)一(yi)致(zhi)性。此(ci)外,干細(xi)胞制造相關文獻(xian)中,關于(yu)實驗方法和結果可重(zhong)復性的討論(lun)也很有限,進(jin)一(yi)步加劇了不(bu)同研究之間的對比(bi)難(nan)度。



三、建立穩健且(qie)可重(zhong)復的基準iPSC擴增工作流程(cheng)

通過(guo)系統(tong)化(hua)地研(yan)究關鍵(jian)工(gong)藝輸(shu)入變量(PIVs)的(de)范圍,PBS開發了一套基線(xian)iPSC擴增協議(yi)(baseline protocol,即標準化(hua)的(de)基本操作(zuo)流程),該協議(yi)旨在確保(bao)實驗(yan)的(de)可復制性(xing)和穩健性(xing),并(bing)展示了良好的(de)結果一致(zhi)性(xing)和可靠性(xing)。該基線(xian)協議(yi)已(yi)經在兩個iPS細(xi)胞系(TC-1133,Lonza;PLX 1.0,PluriStyx)上經過(guo)24次驗(yan)證,涵(han)蓋(gai)了4名操作(zuo)員和4種不同的(de)細(xi)胞培(pei)(pei)養(yang)基(mTeSR1,STEMCELL Technologies;StemScale,Gibco;StemFlex,Gibco;HBM1,內部(bu)配(pei)方(fang)),并(bing)適(shi)用于聚集體和微(wei)載(zai)體培(pei)(pei)養(yang)。詳細(xi)的(de)細(xi)胞培(pei)(pei)養(yang)協議(yi)(包括喂養(yang)、收獲、計數和傳代)可參考Borys, B. S. 2021[2],而生(sheng)長性(xing)能(neng)指標方(fang)程則可在Borys, B. S. 2020[3]中找(zhao)到。


圖2:

(A) 基線擴增(zeng)工作流程在種子培養階段實(shi)現的(de)平均細胞倍增(zeng)數的(de)箱線圖(tu)及須(xu)狀圖(tu)。

(B) 從2D種(zhong)子培養階(jie)段開始的累積群體倍增數,顯示出高度的可復制性。

(C, D) 基線擴增(zeng)工作流程(cheng)中,每個2D培養階段結束時的代表性iPSC克(ke)隆形(xing)態。

(E) P+3懸浮培養第(di)7天(tian)的代(dai)表性iPSC聚集體形(xing)態(tai)。

(F) P+3懸浮培養第8天,iPSC在微載體上的代表性形態(tai);細胞(bao)免疫染色(se)結果顯示核(he)(綠(lv)色(se))與(yu)肌動蛋白(紅色(se))。


結果顯示(shi)在PBS 0.1L和PBS 0.5L中,分別以60RPM和40RPM的優化轉速下,以2e4個細(xi)胞(bao)(bao)/ml細(xi)胞(bao)(bao)密(mi)度進(jin)行接(jie)種,培養(yang)約6-7天,細(xi)胞(bao)(bao)能(neng)平均擴增99.3±14.1倍,最終細(xi)胞(bao)(bao)收獲密(mi)度為(wei)1.95±0.34e6個細(xi)胞(bao)(bao)/ml。重復實驗組n=46。

 

四、PBS-0.1 Mini上工作流程的(de)穩健性和(he)可重(zhong)復性驗證(zheng)


來自P+3 iPSC聚集體懸浮培養的細胞生長曲線


圖3:來(lai)自P+3 iPSC聚集體懸浮培養(yang)的(de)細胞(bao)生(sheng)長曲線,采用PBS-0.1 Mini生(sheng)物反應器中的(de)補料(liao)-批(pi)批(pi)量D3-D6 50% MX喂(wei)養(yang)方案,展示了在以下不(bu)同條件(jian)下的(de)可復(fu)制性和穩(wen)健性:

(A) 3種不同(tong)的細胞培(pei)養基;

(B) 4名(ming)不(bu)同(tong)的操作員;

(C) 2種(zhong)不(bu)同的iPS細胞系(xi)。


細胞(bao)生長曲(qu)線的圖例(li)命名規則(ze)為(wei):實驗ID(年(nian)份,編(bian)號)_ 操作員 _ 容器 _ 培(pei)養基(ji) _ 細胞(bao)系 _ 培(pei)養基(ji)更(geng)換方法 _ 攪拌速率。

 

五、針對下(xia)游應用優(you)化關鍵PIVs

擬胚體(ti)(EB)的(de)(de)大(da)小和(he)密(mi)度(每毫升EB數(shu))是iPSC聚集體(ti)分化為(wei)自然(ran)殺傷(NK)免疫(yi)細(xi)胞的(de)(de)關鍵(jian)工藝輸(shu)入變量(PIVs)。雖然(ran)目(mu)前尚未確定從iPSC EBs生成NK細(xi)胞的(de)(de)最佳EB大(da)小和(he)密(mi)度,但(dan)這些PIVs可(ke)以通過調整生物反應器的(de)(de)攪拌(ban)速(su)率(流體(ti)動力學和(he)剪(jian)切力)以及培養基更(geng)換策略來有效控制和(he)表征。


針對下游應用優化關鍵PIVs


圖4:

(A) 使用(yong)PBS-0.1 Mini生(sheng)物反應器進行了攪(jiao)拌速率范圍(wei)的研究,旨(zhi)在探討(tao)攪(jiao)拌速率對EB大小和(he)密(mi)度的影(ying)響。實驗(yan)結果表(biao)明,穩健的基線擴增協議使得在較寬的攪(jiao)拌速率范圍(wei)內(nei),細胞生(sheng)長能夠保持(chi)一致。

(B) 通過(guo)(guo)改變攪拌(ban)速率,能夠有效(xiao)地控制EB的大(da)小(xiao)(xiao)和(he)密度。未來(lai)的小(xiao)(xiao)規(gui)模(mo)分(fen)化實驗將(jiang)進一(yi)步表(biao)征產生最有效(xiao)NK細(xi)胞的較好EB大(da)小(xiao)(xiao)和(he)密度。一(yi)旦這些較好的條(tiao)件被表(biao)征出來(lai),就可以通過(guo)(guo)保持容(rong)器中的平均能量耗散率(EDR)恒定(ding),結合放大(da)相關方程式(Borys, B. S. 2021[2]),將(jiang)工藝放大(da)至生產規(gui)模(mo)體(ti)積。

 

六、將基線工作流程(cheng)從PBS 0.1擴展到PBS-15規模

將基線工作流程從PBS 0.1擴展到PBS-15規模


圖(tu)5:

(A, B, C, D) 通過使(shi)用相同的(de)關鍵(jian)工藝輸(shu)入變(bian)量(PIVs),將工作體積(ji)從(cong)PBS-0.1的(de)100mL擴展至PBS-15的(de)10L,實現了一致的(de)iPSC生(sheng)長(chang)(chang)性能。實驗(yan)中涵蓋(gai)了不同的(de)喂養(yang)(yang)策略(lve),包括批培養(yang)(yang)、灌(guan)注(zhu)和脈沖式添加,所有這些方法(fa)都確保了細胞生(sheng)長(chang)(chang)曲線的(de)一致性和可重(zhong)復(fu)性。

 

結論、iPSC及(ji)其衍生特化細(xi)胞的制(zhi)造規模生產

1.iPSC及(ji)其衍生特(te)化(hua)(hua)細(xi)胞的(de)規(gui)模化(hua)(hua)生產需要經過(guo)多輪(lun)、系統化(hua)(hua)的(de)工(gong)(gong)藝(yi)開發,確保協議的(de)穩健性(xing)和可復制性(xing)。微縮模型在這一(yi)過(guo)程中起到(dao)了至(zhi)關重要的(de)作(zuo)用,作(zuo)為一(yi)種成本效益較高的(de)工(gong)(gong)具,能(neng)夠有效支(zhi)持工(gong)(gong)藝(yi)優化(hua)(hua)。

2.通過使用PBS-0.1和PBS-0.5 VW生物反應(ying)器,PBS已經開(kai)發出一(yi)套基(ji)線的(de)iPSC擴增工作流程(cheng),該(gai)(gai)流程(cheng)作為后(hou)續(xu)工藝優化的(de)起點。該(gai)(gai)基(ji)線工作流程(cheng)的(de)開(kai)發,考慮了細胞(bao)系(xi)、材料和時(shi)間(jian)線等限制因(yin)素,同時(shi)為下游應(ying)用提供了靈(ling)活(huo)的(de)優化空(kong)間(jian)。值得一(yi)提的(de)是,這一(yi)基(ji)線擴增工作流程(cheng)已成功放大至(zhi)PBS-15,表現出良(liang)好的(de)擴展(zhan)性和穩定性。

3.未來的工作將面臨一系(xi)列放大(da)挑戰(zhan),特別是在控制培養基中的溶解氧(yang)、pH值(zhi)、關鍵操作的處(chu)理(li)時間(jian)以(yi)(yi)及封閉系(xi)統(tong)處(chu)理(li)方面。這些(xie)挑戰(zhan)需要解決,以(yi)(yi)確保能夠(gou)實現效率高、可靠的制造規模工藝。


為了實現可(ke)重復(fu)的(de)實驗和(he)獲得(de)功能(neng)性(xing)細(xi)胞(bao)(bao),需要一(yi)種(zhong)能(neng)模擬體(ti)內環境的(de)化(hua)學成(cheng)(cheng)分明確(que)的(de)培養包被基質(zhi)。這就是全長(chang)的(de) Biolaminin 蛋白(bai)(bai)發揮(hui)作(zuo)用(yong)的(de)地(di)方(fang)。BioLamina品(pin)牌的(de)Biolaminin 521在培養多(duo)(duo)(duo)能(neng)干細(xi)胞(bao)(bao)、分化(hua)細(xi)胞(bao)(bao)和(he)原代(dai)細(xi)胞(bao)(bao)方(fang)面的(de)有效(xiao)性(xing)已在眾多(duo)(duo)(duo)出版物中(zhong)得(de)到(dao)了有力驗證。Laminin-521是一(yi)種(zhong)全長(chang)人重組層粘連(lian)蛋白(bai)(bai),成(cheng)(cheng)分明確(que)、能(neng)夠支持iPSC良好地(di)附(fu)著和(he)增殖,維持細(xi)胞(bao)(bao)多(duo)(duo)(duo)能(neng)性(xing),另外不含動物成(cheng)(cheng)分,更適合臨床應用(yong)。


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